La última actuación de Houdini fue en el Teatro Garrick, en Detroit, Michigan, el 24 de octubre de 1926. Al día siguiente fue hospitalizado en el Detroit’s Grace Hospital, muriendo de peritonitis por la ruptura de su apéndice, a las 13:26 del día de Halloween, octubre 31 de 1926. Tenía 52 años.
La versión más popular es que recibió un golpe en el estómago dado por un estudiante universitario, J. Gordon Whitehead, en Montreal, el 22 de octubre. Se supone que Houdini fue visitado por unos estudiantes que iban a entrevistarlo; uno de ellos le preguntó por sus tiempos de atleta y si era verdad que podía recibir un golpe en el estómago sin sentir dolor, a lo que el mago respondió que sí. De pronto, y sin dejar que Houdini endureciera los músculos para recibir el golpe, Whitehead le dio varios puñetazos, lo que hizo que Houdini se retorciera de dolor. El artista les dijo a los estudiantes que debían dejarlo prepararse para soportar un golpe de ese estilo y una vez que lo hubo hecho, pudo soportar el embate sin mayor problema.
 Pero el dolor persistía y Houdini decidió no visitar a un médico para no cancelar actuaciones ya programadas.
Si bien, el conocimiento médico actual dice que no debiese haber relación entre el golpe y la peritonitis de Houdini porque ésta es causada por una infección, los reportes preliminares del hospital así lo acreditaron.
El funeral de Houdini fue el 04 de noviembre de 1926, en Nueva York, al más puro estilo de sus presentaciones, ya que asistieron más de dos mil personas. Fue enterrado en el cementerio Machpelah, de Queens, Nueva York.
 En su testamento, pidió que todos sus equipos fueran dados a su hermano Theodore, con quien actuaba en sus inicios y quien continuó presentándose con el nombre artístico de Hardeen. Además, su extensa biblioteca de magia debería ser donada a la Sociedad Americana para la Investigación Psíquica, pero su director declinó el ofrecimiento y fue donada a la Biblioteca del Congreso Norteamericano, en donde la sección Houdini ocupa un ala completa del recinto, con más de 10.000 libros en temas relacionados a la magia, escapes y espiritismo.
Su muerte fue el inicio de una nueva etapa de su existencia: el buscar contactarse con su esposa desde el más allá. Después de diez años de infructuosos intentos, Bess dio por terminadas las sesiones. Cuando ella falleció, en 1943, no fue enterrada junto a su esposo por profesar la religión católica en vez de la judía, y hoy descansa en el cementerio Gate of Heaven, en Hawthorne, New York.
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